بعد هدم الرشيد للقبر عام ١٩٣ ه‍، حيث هلك بعده بقليل، ثم تولى الأمين عرش الخلافة بعد أبيه، حدث انفراج نسبي للشيعة، كما استفاد الشيعة من انشغال الأمين بلهوه ومجونه، ومن ثم بعد ذلك النزاع المسلح بينه وبين المأمون، فهرعوا لزيارة القبر بلا خوف ولا وجل.

ويظهر أن الحائر الحسيني لم ينال من الأعمار في عهد الأمين إلا شيئا طفيفا، ويظهر أن الأهالي قاموا بذلك عند تخريب الرشيد للقبر المطهر.

وبعد انتصار المأمون وتسلمه لمقاليد الخلافة، كان قد آثر التقرب للعلويين، وكان قبل هذا قد دعا الإمام علي بن موسى الرضا (عليه السلام) وجعله وليا لعهده، واستبدل لباس السواد بالخضرة.

ففي عهده تمتعت الشيعة بنصيب كبير من حرية الرأي، وفي زمنه ازدادت المناظرات العقائدية والفلسفية، فأصبح لرجال الشيعة الحرية في إبداء آرائهم ومناظرة مخالفيهم، وقد اعترف المأمون بسبقهم الفكري والعقائدي. أما ما يخص الحائر الحسيني فقد أعاد المأمون موضع القبر المطهر، وبنى عليه بناء شامخا بقي حتى سنة ٢٣٢ ه‍ .