أقرأ أيضاً
التاريخ: 23-12-2019
![]()
التاريخ: 3-7-2020
![]()
التاريخ: 1-1-2016
![]()
التاريخ: 21-5-2019
![]() |
الأطلس BLAST Atlas
اطالس تعتمد على نتائج برنامج BLAST لإجراء المقارنات وذلك لربط برامج رسم الأطالس مع BLAST لتحقيق هذا الغرض . ويمكن بواسطة هذا البرنامج وضع خرائط للحوامض الامينية والنيوكلوتيدات التي تشفر لها بعد الربط بالبرامج الخاصة بها مثل BLASTn للنيوكلوتيدات او BLASTp للبروتينات او غيرها من إصدارات برنامج BLAST وفق الغرض المطلوب . والبرنامج يمكن ان يربط مع ACT لمقارنة 2 او أكثر من الجينومات ، وتتفق وسائل رسم أطالس المقارنة بوجود جينوم مرجعي وبذلك يمكن تحديد الجينوم الشامل والجينوم المركزي . وفي هذا النوع منالأطالس يتم تحديد التطابقات Matches ودرجاتها بالاعتماد على الشفرات اللونية التي تستعمل نظام RGB (نظام Red, Green , Blue في التلوين ) على مقياس 0 - 10 وتكون القيم المتوسطة بلون رمادي فاتح . وفيمثل هذه البرامج يمكن التحكم بالصفات المراد دراستها بما توفره في خيارات مثل نوعية جزيئة DNA هل هي حلقية ام مفتوحة واطر القراءة المفتوحة ومتجاورات الكروموسوم وصفات أخرى على ان تكون متوفرة في الجينوم المرجعي لذلك يكون من الأفضل استعمال اكبر جينوم موجود كمرجع وكلها تجمع وتعالج بالبرنامج دون الحاجة الى تدخل المستخدم . بعض أطالس تكون بشكل دوائر متحدة المركز ) في اغلب الأحيان ووفق الطلب ( ومعها المؤشرات المستعملة . وفي الوقت الحاضر توفر هذه الوسائل مقارنة عشرات الجينومات ولكن الطموح الى المئات والآلاف من التواليات قائما" . ويمكن استعمال مثل هذه الأطالس لرسم أطالس الجينومات البيئية ورسم الجينات بغض النظر عن اصوالها بالاستناد الى جينوم مرجعي والشكل التالي يوضح احد هذه الأطالس باستعمال جينوم Pelotomaculum thermopropionicum كمرجع لانه من الجينومات الكبيرة .
ونظرا" لكثرة الجينومات المستعملة فضلا" عن قلة التطابقات ( BLAST Hits) الموجودة في النماذج البيئية يلاحظ ان الألوان تكون باهتة . ويظهر الشكل مقارنة 31 نوع من أجناس بكتيرية مختلفة .
|
|
لخفض ضغط الدم.. دراسة تحدد "تمارين مهمة"
|
|
|
|
|
طال انتظارها.. ميزة جديدة من "واتساب" تعزز الخصوصية
|
|
|
|
|
مشاتل الكفيل تزيّن مجمّع أبي الفضل العبّاس (عليه السلام) بالورد استعدادًا لحفل التخرج المركزي
|
|
|