يتكون التركيب الجينومي الشامل pan-genome لبكتيريا E. coli (العزلات الممرضة والمتعايشة) من 2200 جين أساس ومجموعة واسعة من الجينات الفريدة ( unique genes) وكذلك حوالي أكثر من 13000 جين كمستودع احتياطي، مما يشير إلى أن هذه البكتيريا لديها امكانيات عالية للتنوع والإمراضية. على الرغم من عمليات إعادة الارتباط recombination، توصف المجتمعات المشكلة بواسطة بكتيريا E. coli. على أنها ذات تركيب نسيلي محدد، كما يتضح من خلال عدة تقنيات مثل التنميط المصلي ( serotyping) و التنميط الحيوي (biotyping ) و التضخيم العشوائي للحمض النووي المتعدد الأشكال random amplified polymorphic DNA)) و تباین اطوال قطع تقييد (restriction fragment length polymorphism). ان التركيب النسيلي المحدد لسلالات بكتيريا E. coli يظهر من خلال حقيقة أن كل شخص لديه في وقت معين سلالة سائدة تشكل أكثر من نصف المستعمرات المعزولة. ومع ذلك، فأن التنوع داخل المضيف أيضا يكون مختلف و متنوع ما بين المجتمعات البشرية (2017 ,.Stoppe et al).
ان التنوع الحاصل في مجتمعات بكتيريا E.coli يمكن تميزه في أربع مجموعات تطورية ((A, B1, B2 and D على أساس التغايرات (تعدد الأشكال) الجينية، وبالتالي أصبح من الواضح أن الانماط التطورية والتعبير عن جينات الضراوة يختلف باختلاف الموقع الجغرافي ( (Munkhdelger et al.,2017 ; González-Alba et al,.2018 .في السنوات الاخيرة سمح العدد المتزايد من التسلسلات المتاحة بتحديد ثلاث مجموعات تطورية هي (C,E, and F) وخمس مجموعات خفية cryptic clades)) (ذات سلف مشترك)، مما يعني أن تركيب مجتمعات بكتيريا E. coli أكثر تعقيدًا مما اقترح في البداية. وعدت بعض الدراسات أن المجموعة التطورية phylogroup B2 هي أكثر مجموع ممثلة للسلف ( ancestor) لسلالة E. coli phylogroup. في حين اقترحت دراسات أخرى أن المجموعة التطورية phyllogroup D هي المجموعة الممثلة للسلف هذا من جانب، ومن جانب آخر تم اقتراح أن السلالتين الفرعيتين من phylogroup D يمكن أن يكونا أصل مسارين تطوريين رئيسيين يؤديان إلى مجموعات E/C /B1 / A وF B2/. واقترح باحثون آخرون أن مجموعة B1 كانت أصل مجموعات E و A في حين شككت دراسات اخرى في تمايز المجموعة التطورية González-Alba et al., 2018) phylogroup C).
المصادر:
Stoppe, C., Goetzenich, A., Whitman, G., Ohkuma, R., Brown, T., Hatzakorzian, R., ... & Heyland, D. K. (2017). Role of nutrition support in adult cardiac surgery: a consensus statement from an International Multidisciplinary Expert Group on Nutrition in Cardiac Surgery. Critical Care, 21(1), 1-16.
Munkhdelger, Y., Gunregjav, N., Dorjpurev, A., Juniichiro, N., & Sarantuya, J. (2017). Detection of virulence genes, phylogenetic group and antibiotic resistance of uropathogenic Escherichia coli in Mongolia. The Journal of Infection in Developing Countries, 11(01), 51-57.
González-Alba, J. M.; Baquero, F.; Canton, R.; and Galán, J. C. (2018). Reconstruction of Escherichia coli ancient diversification by layered phylogenomics and polymorphism fingerprinting. BioRxiv, 486399.
