هذه الفوائد والتي تتضمنها تصنيع الأغذية المعدلة وراثيا ولكن هذا جانب واحد حيث في المقابل هناك الجانب الآخر منها وهو ما تحذر منه المنظمات الصحية والبيئية من خطر هذه الأغذية المعدلة جينيا، حيث اعتبروا إنتاج الأغذية المعدلة وراثيا غرضا من اجل الربح دون الاكتراث بصحة السكان بغض النظر عن التأثيرات والمخاطر حيث مجمل الاهتمامات لدي هذه المنظمات تدور حول ثلاثة أمور هي : الأضرار البيئية الناجمة عن الأغذية المعدلة وراثيا المخاطر الصحية والطبية الناجمة عن الأغذية المعدلة وراثيا المخاطر الاقتصادية المترتبة على تصنيع الأغذية المعدلة وراثيا على الرغم من عدم وجود الأدلة الكافية على أن الأغذية المعدلة وراثيا تسبب المخاطر الصحية للمحاصيل التي يتم تعديلها لكن هناك بعض الدول والتي قامت بالحد من إجراءات التعديل الوراثي للأغذية حيث هناك بعض الولايات في دولة البرازيل قد منعت فيها المحاصيل المعدلة بل هناك أيضا قضايا حول هذا الموضوع لمنع استيراد هذه المحاصيل، حيث يوجد في الولايات المتحدة الأمريكية مركز إدارة الأغذية والعقاقير لسلامة الأغذية والتغذية وإعطاء الموافقة عليها.