أعقبت حرب الجمل وحرب صفّين أسوأ الأحداث وأقساها وأشقّها محنة على الإمام (عليه السلام) ومن بينها :
1 ـ التمرّد الكامل في جيش الإمام فقد أصبحت جميع قطعاته غير مطيعة لأوامر الإمام.
لقد شاعت الهزيمة النفسية في جيش الإمام وفقدت قطعاته الروح المعنوية وتخاذلت تخاذلاً مطلقاً أمام الأحداث التي مُني بها.
2 ـ وعمد معاوية بعد معركة صفين إلى تعزيز جيشه وتماسكه وقد بثّ فيه روح العزم والإخلاص وقد وثق بالنصر والفتح والتغلّب على جيش الإمام.
3 ـ وتعرّضت البلاد الإسلامية الخاضعة لحكم الإمام لحملات إرهابية عنيفة كانت تشنّها العصابات المجرمة التي يبعثها معاوية لإشاعة الخوف والذعر فيها وقد تعرّضت المناطق القريبة من عاصمة الإمام لهجمات الإرهابيين من كلاب معاوية والإمام لم يتمكّن من حمايتها وحفظ الأمن والإستقرار فيها فكان يدعو بحرارة جأشه للذبّ عن حياض الوطن وحمايته من الاعتداء فلم يستجب له أحد منهم.
4 ـ واحتلّت جيوش معاوية مصر احتلالاً عسكرياً وبذلك خرجت عن حكم الإمام وقد أُصيبت حكومة الإمام بنكسه كبيرة ولم تعد بعد هذه الأحداث إلاّ شكلاً خاوياً في ميدان الحكم.