يتكون الجين عموماً في حقيقية النواة من المناطق التالية:

أولاً. منطقة المحفز أو التحفيز Promoter

هي منطقة مميزة من الجين تحتوي على تسلسل نيوكليوتيدي خاص يرتبط عندها إنزيم RNA polymerase II عند بدء عملية الاستنساخ Transcription فهي منطقة مهمة يمكن استغلالها في تحديد توقيت عمل الجين وموقع ومستوى تعبير الجين، إذ تعد بمثابة شفرة للجين نفسه التي تحدد مكان بدء نسخ الحمض النووي mRNA ، فبعض المحفزات تقع قبل الجين المراد نسخه (Up Stream) وبعضها الآخر يقع بعد الجين المراد نسخه (Down Stream).

الشكل (1) مخطط يوضح الانترونات والاكسونات

تحتوي منطقة التحفيز على تسلسل نيوكليوتيدي خاص يسمى بـ TATA box يرتبط به إنزيم البلمرة II polymerase لبدء عملية نسخ Transcription الحمض النووي DNA لتكوين الـmRNA ، وتقع قبل منطقة المحفز منطقة تسمى منطقة التنظيم او السيطرة Control or Regulatory Gene وظيفتها تنظيم عملية بدأ الاستنساخ ومنها المُسرع Enhancer

ثانياً. منطقة المشغل Operator

هو عبارة عن تسلسل من الـDNA تم اكتشافه بواسطة العالمان فرانسوا جاكوب وجاكيه منود في عام 1961 ، وهي المنطقة التي يرتبط عندها مثبط عملية الاستنساخ Repressor . وعادةً ما تشترك المورثات بوجود محفز ومشغل واحد يتحكمان في التعبير الجيني لهذا المشغل الحيوي على شكل وحدة واحدة.

تشمل المنطقة التنظيمية للمشغل Operon's regulatory region كلاً من المحفز Promoter والمشغل Operator

ثالثاً. منطقة الجين التركيبي Structural gene

وتسمى ايضاً منطقة التشفير أو التسلسل المشفر Coding sequence، وهي المنطقة التي تحمل المعلومات الوراثية التي سيتم استنساخها لتحديد طبيعة البروتين الذي يشفره الجين التركيبي.

تسمى المنطقة المشتركة للمحفز وللمشغل والجين التركيبي بالـ Operon.

 رابعاً. منطقة الإنهاء Terminator وتسمى منطقة تعدد الأدننة (Ploy adenylation (Poly-A وهي المسؤولة عن انهاء عمل نسخة الحمض النووي tRNA للحمض النووي RNA transcript Messenger على الوجه الصحيح، وكأنها تأمر الجين (إنهي عملية النسخ هنا)، ولكل من هذه المناطق تسلسل خاص ووظيفة خاصة بها. أنظر الشكل رقم (2).

الشكل (2) مخطط مناطق الجين الأربعة .