توفّر المادة العضوية الطبيعية أيونات الهدروجين من خلال تفكك المجموعات الحمضية، ولذا تكون واحدة من المكونات البيئية التي تحدد الـ pH الإجمالية وتوفر البروتونات محلياً. يمكن للمادة العضوية الطبيعية المنحلة أو الصلبة أن تتبادل التأثيرات بقوة مع كثير من المركبات العضوية، وفقاً لما هو مبين في الفصل الثاني عشر. وحينئذ تُبدي الأجناس المعقدة تفاعلية مختلفة، معززة أو مضمحلة. ولعل أكثر مفاعيل المادة العضوية الطبيعية في التفكيك أهمية هو ما يخص السيرورات الحيوية. فالتربة الغنية بالمادة العضوية تحتوي عادة على كمية كبيرة من المتعضيات المكروية. والمتعضيات غيرية التغذية، تعريفاً، تحتاج إلى مركبات عضوية سابقة التركيب، ولذا، في أثناء استعمالها للمادة العضوية الطبيعية، تستطيع التشارك في استقلاب المركبات الغريبة. والأجناس المخمرة (zemogenous) التي تستعمل مبيد حيوي معين تُسهم أيضاً في التفكيك.