ان هذا النوع من الأحماض الأمينية لا تدخل في بناء بروتينات الكائنات الحية التي تنتجها بل توجد في مصادر خاصة بشكل منفرد او مرتبط مع مركبات أخرى ويعود سبب عدم دخولها في بناء البروتين بأن مجموعة الأمين والكاربوكسيل لا ترتبط بنفس ذرة الكاربون الألفا ومن هذه الأحماض الأمينية:

1- بيتا - ألانين  β-alanine  بيتا أمينو حامض بروبونيك β-amino propionic acid) الذي يوجد ضمن تركيب حامض بانتوثنيك Pantothenic acid ومرافق الإنزيم Coenzyme A) A).

2-  كاما - أمينو بيوتاريت y-amino butyrate : ويوجد في العديد من النباتات والمخ والرئة والقلب والذي يعد المثبط الكيميائي للحافز العصبي في مناطق معينة من الجهاز العصبي.

3-  ألفا - أمينو بيوتاريت α- Amino butyrate  : يتواجد هذا الحامض في مستخلصات المخ لمختلف الحيوانات.

4- ألفا - أمينو أدبيتα-  Amino adipiate  : وهو أحد المركبات الوسطية التي تتكون أثناء التغيرات الحياتية للحامض الأميني اللايسين.

5- السترولين Citrulline والأورنثين Ornithine : وهي الأحماض الأمينية غير البروتينية (الشكل (5-3) التي تتكون إثناء العمليات الحياتية للأمونيا (دورة اليوريا Urea cycle) اذ يتم التخلص من المركب الأخير بشكل يوريا.

6- ثنائي هيدروكسي فينايل ألانين (Dihydroxy phenylalanine (Dopa : يتواجد هذا الحامض الأميني (الشكل (4-5) في مسار تكوين هورمونات الكاتيكول أمين ( الدوبامين والأدرينالين والنور أدرينالين) والذي يمكن أن يتواجد أيضاً في بعض أنواع الفاصوليا.

7- المركب 3 ، 5 ، 3 ثلاثي أيودو ثيرونين (T₃) : الذي يتواجد في الغدة الدرقية فضلاً عن ثايروكسين رباعي أيودوثيرونين (T₄) .

8- هوموسستین Homocystein: الذي يوجد بوصفه مركباً وسطياً (الشكل (6-5 ) يتكون أثناء تفاعلات الأحماض الأمينية المثيونين والثيرونين وحامض الأسبارتيك.

9- سلينوسستين Selenocysteine : سلينوسستين أحد الأحماض الأمينية من نوع L (الشكل 5-7) الموجود في العديد من البروتينات، وان أسمه يدل عليه أذ أنه يحتوي على ذرة السلينيوم (Selenium (Se بدل الكبريت (Sulfur (S في التركيب المشابه للحامض الأميني السستين.

وله قيمة pK₃ = 5.2 والتي اقل من السستين، ويتكون خلال عملية الترجمة في بناء البروتين Protein synthesis ويعد الحادي والعشرين في ترتيب الأحماض الأمينية ولكنه لا يحتوي على شفرة وراثية واضحة Code كما في العشرين حامضاً أمينياً. ويتواجد هذا الحامض الأميني في الموقع الفعال للعديد من الإنزيمات في الجسم اذ يعمل عاملاً مساعداً في تفاعلات الأكسدة و الإختزال Redox reactions على سبيل المثال إنزيم كلوتاثــايون بيروكسيديز (Glutathione peroxidase (GP الذي يعمل من خلاله على تحويل بيروكسيد الهيدروجين الــــى مــاء و كلوتاثايون مؤكسد كما في المعادلة الآتية:

يدخل سلينوسستين ايضاً في الموقع الفعال لإنزيم دي أيودونيز Deiodinase الذي يعمل على تحويـــل الثايروكسين Thyroxine الى ثلاثي أيودوثايرونين Triiodothyronine.

10- الحامض الأميني السستاين Cystine يتكون السستاين من أكسدة الحامض الأميني السستين Cyteine الشكل (5- 8) ، اذ يدخل السستاين في ربط سلسلتين ببتيدين بوساطة أصرة ثنائي الكبريت Disulfide bond والذي يكون مسؤولاً عن تكوين احد أنواع حصوات الكلية Kidney stone.