قبض الرشيد على موسى بن جعفر (عليه السلام) سنة 179هـ في سفره إلى مكة المعظمة، وهو عند رأس النبي (صلى الله عليه واله) قائماً يصلي، فقطع عليه صلاته وحمل وهو يبكي ويقول اليك أشكو يا رسول اللّه ما القى، واقبل الناس من كل جانب يبكون ويضجون، فلما حمل الى بين يدي الرشيد سلم على الرشيد فلم يرد عليه السلام وشتمه وجفاه وقيده، فلما جن عليه الليل امر بقبتين فهيِّئتا له فحمل موسى بن جعفر (عليه السلام) الى إحداهما في خفاء ودفعه الى حسان السروي وامره ان يسير به في قبة الى البصرة فيسلمه الى عيسى بن جعفر بن ابي جعفر، وهو اميرها، ووجه قبة اخرى علانية نهاراً الى الكوفة معها جماعة ليعمى على الناس امر موسى بن جعفر، فقدم حسان البصرة قبل التروية بيوم فدفعه الى عيسى بن جعفر بن ابي جعفر نهاراً علانية حتى عرف ذلك وشاع امره، فحبسه عيسى في بيت من بيوت المحبس الذي كان يحبس فيه، واقفل عليه وشغله عنه العيد، فكان لا يفتح عنه الباب الا في حالتين، حال يخرج فيها الى الطهور وحال يدخل اليه فيها الطعام، قال نصراني من كتاب عيسى : لقد سمع هذا الرجل الصالح في ايامه في هذه الدار التي هو فيها من ضروب الفواحش والمناكير ما اعلم ولا اشك انه لم يخطر بباله ؛ وروي انه حبسه عنده سنة ثم كتب الى الرشيد ان خذه مني وسلمه الى من شئت والا خليت سبيله، فقد اجتهدت بان اجد عليه حجة فما اقدر على ذلك، حتى اني لأتسمَّع عليه اذا دعا لعله يدعو عليَّ او عليك فما اسمعه يدعو الا لنفسه يسأل الرحمة والمغفرة، فوجّه من تسلمه منه وحُمل سراً الى بغداد ؛ وروي انه لما حمل الى بغداد كان ذلك في رجب يوم المبعث سنة تسع وسبعين ومئة. قال الراوي : ولما حمل الى بغداد حبسه الرشيد عند الفضل بن الربيع، فبقَي عنده مدة طويلة، واراده الرشيد على شيء من أمره، فأبى، فكتب بتسليمه (عليه السلام) الى الفضل بن يحيى فتسلمه منه وأراد ذلك منه فلم يفعل وبلغه انه عنده في رفاهية وسعة وهو حينئذ بالرقة، فكتب الى العباس بن محمد والسندي بن شاهك في ذلك على يد مسرور الخادم، فدعا العباس بسياط وعقابين وامر بالفضل فجرِّد وضربه السنّدي بين يديه مئة سوط، وكتب مسرور بالخبر الى الرشيد، فأمر بتسليم موسى (عليه السلام) الى السندي بن شاهك، فلم يزل (سلام اللّه عليه) ينقل من سجن الى سجن حتى نقل الى حبس السندي بن شاهك الملعون .

وفي الدر النظيم قال : قال السندي بن شاهك : وافى خادم من قبل الرشيد الى ابي الحسن (عليه السلام) وهو محبوس عندي، فدخلت معه وقد كان قال له تعرف خبره، فوقف الخادم فقال : ما لك، فقال : بعثني الخليفة لأعرف خبرك، قال، فقال : قل له يا هارون ما من يوم ضراء انقضى عني الا انقضى عنك من السراء مثله حتى نجتمع انا وانت في دار يخسر فيها المبطلون، قال الفضل بن الربيع عن ابيه، قال : بعثني هارون الى ابي الحسن (عليه السلام) برسالة وهو في حبس السندي بن شاهك، فدخلت عليه وهو يصلّي فهبته ان اجلس، فوقفت متكئاً على سيفي فكان (عليه السلام) اذا صلى ركعتين وسلم واصل بركعتين أخرا وتين، فلما طال وقوفي وخفت ان يسأل عني هارون وحانت منه تسليمة فشرعت في الكلام فامسك، وقد كان قال لي هارون لا تقل بعثني امير المؤمنين اليك ولكن قل بعثني اخوك وهو يقرئك السلام ويقول لك انه بلغني عنك اشياء اقلقتني فاقدمتك اليّ وفحصت عن ذلك فوجدتك نقيَّ الجيب بريئاً من العيب مكذوباً عليك فيما رميت به ففكرت بين اصرافك الى منزلك ومقامك ببابي فوجدت مقامك ببابي ابرأ لصدري وأكذب لقول المسرعين فيك ولكل انسان غذاء قد اغتذاه والفت عليه طبيعته، ولعلك اغتذيت بالمدينة اغذية لا تجد من يصنعها لك ها هنا وقد امرت الفضل ان يقيم لك من ذلك ما شئت فمره بما احببت وانبسط فيما تريده، قال فجعل (عليه السلام) الجواب في كلمتين من غير ان يلتفت اليّ فقال : لا حاضر مالي فينفعني ولم اخلق سؤولاً، اللّه اكبر، ودخل في الصلاة، قال فرجعت الى هارون فأخبرته فقال لي : فما ترى في أمره، فقلت : يا سيدي لو خططت في الأرض خطة فدخل فيها ثم قال لا اخرج منها ما خرج منها، قال هو كما قلت ولكن مقامه عندي احب الي  ؛ وروى غيره قال : قال هارون : اياك ان تخبر بهذا أحداً، قال فما اخبرت به احداً حتى مات هارون .

وروى الشيخ عن محمد بن غياث في خبر، قال : قال هارون ليحيى بن خالد انطلق اليه (عليه السلام) واطلق عنه الحديد وابلغه عني السلام وقل له يقول لك ابن عمك انه قد سبق مني فيك يمين انّي لا اخليك حتى تقر لي بالإِساءة وتسألني العفو عما سلف منك وليس عليك في اقرارك عار ولا في مسألتك اياي منقصة وهذا يحيى بن خالد هو ثقتي ووزيري وصاحب أمري، فسله بقدر ما اخرج من يميني وانصرف راشداً.

قال محمد بن غياث فاخبرني موسى بن يحيى بن خالد ان ابا ابراهيم قال ليحيى : يا ابا عليّ انا ميت وانما بقي من اجلي اسبوع  الخ.

قال الراوي : وجلس الرشيد مجلساً حافلاً، وقال : ايها الناس ان الفضل بن يحيى قد عصاني وخالف طاعتي ورأيت ان ألعنه فالعنوه، فلعنه الناس من كل ناحية حتى ارتج البيت والدار بلعنه، وبلغ يحيى بن خالد فركب الى الرشيد ودخل من غير الباب الذي يدخل الناس منه حتى جاءه من خلفه وهو لا يشعر، ثم قال التفت اليّ يا امير المؤمنين فأصغى اليه فزعاً، فقال له : ان الفضل حدث وانا اكفيك ما تريد، فانطلق وجهه وسر واقبل على الناس، فقال : ان الفضل كان عصاني في شيء فلعنته وقد تاب واناب الى طاعتي فتولوه، فقالوا نحن اولياء من واليت واعداء من عاديت، وقد توليناه، ثم خرج يحيى بن خالد بنفسه على البريد حتى اتى بغداد فماج الناس وارجفوا بكل شيء، فاظهر انه ورد لتعديل السواد والنظر في امر العمال وتشاغل ببعض ذلك ودعا السنديَّ فأمره فيه بأمره فامتثله.

وروى انه بعث يحيى بن خالد الى موسى بن جعفر (عليه السلام) بالرطب والريحان المسمومين، وفي رواية انه سمه في ثلاثين رطبة.

 قال الراوي : ثم ان السندي بن شاهك احضر القضاة والعدول وذلك قبل وفاة موسى (عليه السلام) بأيام واخرجه (عليه السلام) اليهم وقال ان الناس يقولون ان ابا الحسن موسى في ضنك وضر وها هو ذا لا علة به ولا مرض ولا ضر، فالتفت (عليه السلام) فقال لهم: اشهدوا عليّ أني مقتول بالسم منذ ثلاثة ايام، اشهدوا أني صحيح الظاهر لكني مسموم وسأحمر في آخر هذا اليوم حمرة شديدة منكرة واصفر غداً صفرة شديدة وابيض بعد غد وأمضي الى رحمة اللّه ورضوانه.

وروى الصدوق عن الحسن بن محمد بن بشار قال : حدثني شيخ من اهل قطيعة الربيع من العامة ممن كان يقبل قوله، قال : قال لي قد رأيت بعض من يقرون بفضله من اهل هذا البيت فما رأيت مثله قط في نسكه وفضله، قال : قلت من وكيف رأيته ؟.

 قال : جمعنا ايام السندي بن شاهك ثمانين رجلاً من الوجوه ممن ينسب الى الخير، فادخلنا على موسى بن جعفر (عليه السلام)، فقال لنا السندي يا هؤلاء انظروا الى هذا الرجل هل حدث به حدث فان الناس يزعمون انه قد فُعِلَ مكروه به ويكثرون في ذلك وهذا منزله وفرشه موسَّع عليه غير مضيق ولم يرد به امير المؤمنين سوءاً وانما ينتظره ان يقدم فيناظره امير المؤمنين، وها هو ذا صحيح موسع عليه في جميع امره، فاسألوه، قال ونحن ليس لنا هم الا النظر الى الرجل والى فضله وسمته، فقال (عليه السلام) اما ما ذكر من التوسعة وما اشبه ذلك فهو على ما ذكر غير اني اخبركم ايها النفر اني قد سقيت السم في تسع تمرات، واني احتضر غداً وبعد غد أموت، قال : فنظرت الى السندي بن شاهك يرتعد ويضطرب مثل السعفة، قال الحسن وكان هذا الشيخ من خيار العامة، شيخ صدوق مقبول القول ثقة جداً عند الناس.

وروي انه لما كان من الغد جاء به الطبيب، فقال له ما حالك، فتغافل عنه، فلما اكثر عليه عرض عليه خضرة في بطن راحته، وكان السم الذي سم به قد اجتمع في ذلك الموضع ثم قال له هذه علّتي، فانصرف الطبيب اليهم وقال واللّه لهو اعلم بما فعلتم به منكم، ثم توفي (عليه السلام).

وروى القطب الراوندي عن محمد بن الفضل الهاشمي قال : اني اتيت موسى بن جعفر (عليه السلام) قبل وفاته بيوم واحد فقال اني ميت لا محالة فاذا واريتني في لحدي فلا تقيمنَّ، وتوجه الى المدينة بودائعي هذه وأوصلها الى عليّ بن موسى (عليه السلام) فهو وصيي وصاحب الأمر بعدي ففعلت ما أمرني به وأوصلت الودائع اليه. قال الشيخ المفيد.

 وروي انه لما حضرته الوفاة سأل السندي بن شاهك ان يحضره مولى له مدنيا ينزل عند دار العباس بن محمد في مشرعة القصب ليتولى غسله وتكفينه ففعل ذلك.

قال السندي فكنت سألته في الاذن لي ان اكفنه، فأبى وقال : انّا اهل بيت، مهور نسائنا وحج صرورتنا واكفان موتانا من طاهر اموالنا وعندي كفن اريد ان يتولّى غسلي وجهازي مولاي فلان فتولى ذلك منه.