تتشكل الببتيدات من ارتباط الأحماض الأمينية المياسرة - ألفا بالروابط الببتيدية

يظهر ( الشكل 5-1 ) ثلاثي الببتيد المكون من الالانين والسيستيين والفالين. لاحظ أن ثلاثي الببتيد مكون من ثلاث ثمالات (أحماض أمينية) (Residues) وليس من ثلاثة روابط  ببتيدية. وقد اتفق على كتابة بنية الببتيد بحيث تكون الثمالة الأمينية المطرافية (الثمالة التي تكون فيها الزمرة الأمينية الفاحرة)  على اليسار والثمالة الكربوكسيلية المطرافية ( الثمالة التي تكون فيها الزمرة الكربوكسيلية الفاحرة) على اليمين. يحتوي هكذا ببتيد على زمرة أمينية ألفا واحدة حرة و زمرة كربوكسيلية ألفا واحدة حرة ، ومع ذلك قد تكون إحدى هاتين الزمرتين في بعض الببتيدات مشتقة ( مثل ن - فورميل أمين أو أميد الزمرة الكربوكسيلية) وهي ، بالتالي ، ليست حرة.